Ze is gespecialiseerd in de behandeling van nachtmerries. In 2016 promoveerde ze aan de Universiteit Utrecht op een onderzoek naar de prevalentie en behandeling van nachtmerries in de specialistische GGZ. Eén op de drie patiënten met een psychische stoornis in de GGZ heeft last van ernstige nachtmerries. Dit percentage is hoog vergeleken met de algemene bevolking, waarvan slechts 2% last heeft van nachtmerries. Volgens Van Schagen zijn langdurig herhalende nachtmerries aangeleerd. “Ze zijn nutteloos en zorgen voor stress, slaapgebrek en lijden. We zien nachtmerries niet alleen als een symptoom, maar ook als een apart probleem dat behandeling verdient,” zegt ze in een interview in Cogiscope.

Van Schagen deed onderzoek met 'imginatie en rescriptingtherapie' waarbij patiënten meerdere malen per dag hun nachtmerrie inbeelden met een alternatief einde. Dit 'dagdromen over nachtmerries' blijkt het aantal en de intensiteit van nachtmerries te verminderen. Ook de psychische klachten van de patiënten die meededen aan de studie nam af.

In 2012 bracht ze samen met coauteurs Jaap Lancee en Victor spoormakers het boek Imaginatie- en rescriptingtherapie (IRT) voor nachtmerriesuit. Met het boek willen de auteurs een brug slaan tussen wetenschap en praktijk en therapeuten handvatten bieden voor de behandeling van nachtmerries. Veel therapeuten weten geen raad met nachtmerries en hopen dat de nachtmerries bijvoorbeeld na een traumabehandeling vanzelf zullen verdwijnen. Dit is niet altijd het geval.