Annemarie van Stee houdt zich in haar filosofische werk bezig met existentiële thema's. Zo publiceerde zij over liefde, over geloven, over ervaringen van zin en zinloosheid en vooral ook over het zelf dat gevormd wordt door hoe het omgaat met liefde en met vragen rondom levensbeschouwing en zin. Zij promoveerde op een proefschrift over dit existentiële aspect aan het zelf, waarvoor ze onderzocht wat voor bijdragen aan zelfinzicht we kunnen verwachten van wijsgerige reflectie op dit terrein en van neurowetenschappelijk onderzoek naar liefde en naar zelfreflectie.