Van Schagen is gespecialiseerd in diagnostiek en (klinische) behandeling van psychotrauma, nachtmerries en slaapstoornissen. Ze is als senior onderzoeker betrokken bij wetenschappelijk onderzoek naar het gebruik van psychedelica bij psychotherapie voor posttraumatische stressstoornis (PTSS), en onderzoek naar behandeling van nachtmerries en andere slaapproblemen bij PTSS. Daarnaast is zij als plaatsvervangend hoofdopleider voor de KP-opleiding verbonden aan de RINO Groep. In 2016 promoveerde ze aan de Universiteit Utrecht op een onderzoek naar de prevalentie en behandeling van nachtmerries in de specialistische GGZ.