Bakkers onderzoek richt zich voornamelijk op vraagstukken rondom sociale polarisatie en populisme. Hij is hierbij geïnteresseerd in de psychologische wortels van de politieke overtuigingen van burgers.

Zijn werk verscheen in verschillende tijdschriften, waaronder Nature Human Behaviour, Journal of Communication en the American Political Science Review. Naast zijn onderzoek doceert Bakker Psychologie van de politieke communicatie in de masteropleiding Communicatiewetenschappen en geeft hij vakken over experimenteren en goede onderzoekspraktijken.