Peper is in 1998 gepromoveerd op een cultuursociologisch onderzoek naar de genese van de idee van sociale problemen en de wijze waarop sociale problemen theoretisch worden benaderd. Daarna is hij enkele jaren als contractonderzoeker verbonden geweest aan de juridische faculteit van de EUR. In deze hoedanigheid heeft hij met anderen onderzoek naar experimenten met Buurtbemiddeling in Nederland gedaan, alsmede tevens een onderzoek naar de aanpak van drugsrunners in Rotterdam.