Van der Heijden is als docent en postdoctoraal onderzoeker verbonden aan de programmagroep Brain & Cognition van de Universiteit van Amsterdam. Ze doet onderzoek naar slaap, dromen, neurowetenschappen en posttraumatsiche stressstoornissen (PTSS). Hierbij kijkt ze ook naar de wisselwerking tussen deze domeinen. Daarnaast houdt ze zich bezig met wetenschapscommunicatie.