Wegener heeft verscheidene publicaties op zijn naam staan, waaronder artikelen over de geschiedenis van de wet van behoud van energie, disciplinevorming en de relatie tussen wetenschap en literatuur.

Als wetenschapshistoricus en -filosoof houdt Wegener zich onder andere bezig met hoe mensen in verschillende tijden dachten over vooruitgang.

Wegener is docent bij verschillende vakken van de master History and Philosophy of Science en de Scheikunde master. In zijn cursussen legt hij uit hoe wetenschap werkt en hoe wetenschappelijke principes en theorieën ontstaan. Wegener is ook docent bij de cursus 'history and philosophy of magic'.