Wegener heeft verscheidene publicaties op zijn naam staan, waaronder artikelen over de geschiedenis van de wet van behoud van energie, disciplinevorming en de relatie tussen wetenschap en literatuur.

Als wetenschapshistoricus en -filosoof houdt Wegener zich onder andere bezig met hoe mensen in verschillende tijden dachten over vooruitgang.

Wegener is docent bij verschillende vakken van de master History and Philosophy of Science, onder andere bij cursus 'history and philosophy of magic'.