Zijn onderzoekt richt zich voornamelijk op ontwikkelingsbiologie en stamcellen. Cuppen studeerde in 1994 cum laude af aan de Universiteit van Wageningen en promoveerde in 1998 aan de Radboud Universiteit Nijmegen.

Voor zijn onderzoek 'Natuurlijke en kunstmatige genetische variatie in laboratoriumratten' kreeg hij in 2005 de European Young Investigators Award en 1,2 miljoen euro om een eigen onderzoeksgroep op te richten.