Van Eijnatten is gespecialiseerd in sociotechnisch ontwerp en participatieve organisatieontwikkeling. Zijn huidige onderzoeksthema's zijn chaos en complexiteit in organisatie en management. Hij leidt het Europese Chaos en Complexiteitsnetwerk (ECCON) en is betrokken bij het internationale onderzoeksprogramma SUSTAIN waarin onderzoekers samenwerken om duurzame arbeidssystemen te ontwikkelen. Tevens is hij bestuurslid van chaosforum.com.

Hij studeerde organisatiepsychologie aan de Universiteit van Tilburg en promoveerde in 1985 aan de Radboud Universteit in Nijmegen op een studie getiteld Socio-Technical Task Analysis of Philips Industries in four European countries.