Endendijk is gespecialiseerd in genderontwikkeling en seksuele ontwikkeling van kinderen en adolescenten. Ze doet daarbij onderzoek naar de gevolgen van genderneutraal opvoeden, maatschappelijke gendernormen, en de rol van de sociale omgeving in de ontwikkeling van identiteitsbeleving bij kinderen en jongeren. Ze behaalde haar PhD aan de Universiteit Leiden, waarbij ze de rol van genderspecifiek ouderschap in het gedrag van kinderen bestudeerde.