Haar specialisme is Nederlandse cultuur van de 19^e eeuw. Momenteel werkt ze aan een biografie van Jacob van Lennep en een persoonlijke literatuurgeschiedenis van de 19^e eeuw. Daarnaast is ze actief in het onder de aandacht brengen van Nederlandse letterkunde voor een groter publiek, ze schrijft voor o.a. de NRC en de Groene Amsterdammer en heeft een eigen blog.

In de Jan Hanlo-lezing 2009 'Hoe ver kun je gaan? Grenzen tussen literaire, essayistische en wetenschappelijke teksten' pleit Mathijsen voor betere stijlbeheersing, inzet van persoonlijkheid en goed gebruik van retorische middelen in wetenschappelijke artikelen. Dat maakt artikelen en proefschriften niet subjectiever, maar is juist nodig: “Ook voor de wetenschap is stijl een bewijs van beheersing, is inzet van de persoonlijkheid een bewijs van een kritische instelling en is het gebruik van retorische middelen gewoon een bewijs van vakmanschap,” stelt ze.