Ajouaou publiceerde onder andere over de Islam in Nederland, secularisering en over islamitische geestelijke verzorging in Nederlandse gevangenissen. Hij mengt zich regelmatig in discussies in de actualiteit over radicalisering en de plaats van de islam in de westerse samenleving. In 2015 publiceerde hij Wie is moslim? Geloof en secularisatie onder westerse Moslims. www.mohamed-ajouaou.nl.