Nijhuis richt zich met haar onderzoek onder andere op retrovirussen en hiv-resistentie. Ook ontwikkelt zij methoden om hiv en aids te genezen. Als hoogleraar is zij betrokken bij verschillende onderwijsprogramma’s aan de Universiteit Utrecht. Naast haar werk in het onderzoek en onderwijs is Nijhuis lid van de raad van advies van het Aidsfonds en jurylid van de gerenommeerde VENI-onderzoeksbeurzen.

Nijhuis deed haar promotieonderzoek aan de Universiteit Utrecht naar de impact van antiretrovirale therapie op hiv. Daarvoor studeerde zij biologie, ook in Utrecht.