Eijkelkamp doet onderzoek naar het mechanisme achter chronische pijn bij het Center for Transnationaal Immunology (CTI) van het UMC Utrecht. Sinds 2013 leidt hij hier zijn eigen onderzoeksgroep. Ondanks chronische pijn veel mensen beperkt in hun dagelijkse leven, is er volgens Eijkelkamp meer aandacht nodig voor dit ziektebeeld in medisch onderzoek.

Daarnaast is Eijkelkamp betrokken bij een onderzoek naar de biomedische oorzaken van post-COVID bij kinderen. Een aandoening die moeilijk te herkennen en te behandelen is.