Het interessegebied van Nys ligt op de grens tussen politieke, morele en praktische filosofie. Hij houdt zich bezig met de betekenis en het morele belang van het concept "autonomie", en hij is op dit moment verbonden aan de Universiteit van Amsterdam. Hij vormt onderdeel van de capaciteitsgroep Philosophy and Public Affairs, die zich bezig houdt met de (her)evaluering van individuele en collectieve politieke, morele en ethische concepten in de context van maatschappelijke problemen. Een van zijn uitgangspunten is dat individuele autonomie afhankelijk is van een sociale structuur. Die structuur kan individuen bijvoorbeeld de mogelijkheid bieden om in gesprek te gaan over de dingen die zij belangrijk vinden. Daarnaast kunnen anderen het individu ook helpen om zijn of haar autonomie te realiseren. Dit betekent dat deze ruimere context, de afhankelijkheid van het zelf, niet altijd gezien hoeft te worden als een beperking van de autonomie, maar in sommige gevallen geïnterpreteerd kan worden als ondersteuning van die autonomie.

Nys studeerde wijsbegeerte en bedrijfskunde aan de Katholieke Universiteit Leuven en promoveerde daarna in 2006 met zijn proefschrift over de betekenis en waarde van autonomie.