Van der Meer is professor in de politicologie en maakt onderdeel uit van de Programmagroep Challenges to Democratic Representation. Hij houdt zich voornamelijk bezig met politiek vertrouwen, (de ontwikkeling van) partijsystemen en etnische diversiteit in combinatie met sociale cohesie en sociaal kapitaal. Ook onderzoekt en doceert hij wetenschapsmethoden aan de Universiteit van Amsterdam.

Op dit moment is Van der Meer betrokken bij twee NWO onderzoeksprojecten, namelijk over de gevolgen van politiek vertrouwen sinds 2016 (NWO Vidi-beurs) en over legitimiteit en de beweeglijkheid van politiek sinds 2014 (NWO TOP-beurs)

Naast zijn werkzaamheden als onderzoeker en hoogleraar, is Van der Meer ook publicist en auteur van Niet de kiezer is gek (2017) en verschillende blogs, waarin hij politieke kwesties kritisch beschouwt vanuit de politicologie.