Zijn onderzoek richt zich op innovatie en technologie in de publieke sector. Naast zijn werkzaamheden als hoogleraar en onderzoeker aan de Universiteit Utrecht, draagt hij bij aan het HORIZON 2020 project Raising Open and User-friendly Transparency-Enabling Technologies for Public Administrations. Ook is hij betrokken bij het HORIZON 2020 project MEDI@4SEC.

In november 2002 promoveerde Meijer aan de Erasmus Universiteit Rotterdam op een proefschrift over parlementaire en juridische controle in het informatietijdperk. In 2016 hield hij zijn oratie getiteld 'Bestuur in de datapolis' (pdf). Zijn huidige onderzoeksinteresses zijn smart cities, publieke controle, informatisering en individualisering in het openbaar bestuur.

Meijer is een van de onderzoeksleiders van de hub ‘Transforming Infrastructures for Sustainable Cities’. De ambitie voor de hub is om een platform te ontwikkelen voor nieuwe transdiciplinaire samenwerkingen over stedelijke duurzaamheidstransities door de lens van stedelijke infrastructuren.

Ook is Meijer lid van de onderzoeksgroep ‘Innovación, Tecnología y Gestión Pública’ van de Autonomous University van Madrid.