Haar wetenschappelijke onderzoek richt zich op de culturele, sociale, economische en milieuaspecten van het winnen van grondstoffen.

Momenteel werkt De Theije met een Braziliaans onderzoeksteam voor het onderzoeksproject Gold Matters, waarin ze onderzoekt hoe goudwinningspraktijken zijn ingebed in het Amazonegebied. Wat zijn de gevolgen hiervan voor de transitie naar duurzaamheid op het gebied van milieu, economie en de lokale gemeenschap?

Voor het onderzoeksproject GOMIAM bestudeerde ze de bedreiging voor levensonderhoud van de inheemse volkeren, als gevolg van milieuvervuiling veroorzaakt door goudwinning. Ook keek ze hierbij naar de juridische en economische effecten van de handel in goud en mijnbouwapparatuur. Daarnaast onderzocht ze illegale goudwinningsroutes in Bolivia en milieuregelgeving voor kleinschalige goudwinning in Suriname.

Sinds 2018 is ze gastonderzoeker bij het Center for Environmental Studies and Research (NEPAM) in Brazilië.

Tussen 2011 en 2016 werkte De Theije bij de Centre for Latin American Research and Documentation (CEDLA).