Aalders doet onderzoek op het snijvlak van toegepaste natuurkunde, scheikunde, biologie, de medische praktijk en de forensische wetenschap. Hij ontwikkelt innovatieve technieken om forensisch onderzoek nauwkeuriger te maken. Bijvoorbeeld om de ouderdom van kneuzingen te kunnen bepalen, belangrijke informatie wanneer je wil vaststellen of er sprake is van kindermishandeling. Ook ontwikkelde hij methoden om specifieker het tijdstip van overlijden te kunnen vaststellen, en de ouderdom van bloedvlekken. Daarnaast is hij gespecialiseerd in de analyse van bloedsporenpatronen. In zijn onderzoek werkt hij nauw samen met de politie en het NFI.

Aalders staat samen met Arian van Asten aan het hoofd van het Co van Ledden Hulsebosch Centrum, een interdisciplinair onderzoekscentrum voor forensische wetenschap.