Schäfer heeft verschillende onderzoeken gedaan naar de sociaal-politieke invloed van mediatechnologie. Naast zijn docentschap is hij auteur van het door The Library Journal geprezen boek Bastard Culture! How User participation Transforms Cultural Production (2011) en mede-redacteur en co-auteur van het volume digitaal materiaal. Daarnaast zit Schäfer in de adviesraad van SetUp Utrecht, een organisatie die als doelstelling heeft om een kritisch publiek dat vorm kan en durft te geven aan een nieuwe digitale cultuur te bevorderen. Schäfer behaalde zijn master in theater, film en media studies aan de Universiteit van Wenen in 2002, en promoveerde in 2008 aan de Universiteit Utrecht.

Sinds 2014 is hij ook hoofd van de Utrecht Data School. Hier onderzoeken studenten 'big data' in opdracht van bedrijven, non-profit organisaties en overheden. Dat gebeurt met behulp van verschillende analyse- en visualisatietechnieken, aangevuld met essentiële kwalitatieve analyses om de data in de juiste context te plaatsen en betekenis te geven. Eerder kregen studenten op deze manier inzicht in de stad Utrecht online, Occupy-bewegingen, de Nederlandse politiek op Twitter, WikiLeaks en “Project X” Haren.