Nijholt is coördinator van de Human Media Interaction onderzoeksgroep die zich bezighoudt met ontwikkelingen en toepassingen van de interactie tussen brein en computer. Daarnaast is hij wetenschappelijk adviseur bij Philips Research Europe. Hij is een veel geziene gast op symposia over de hele wereld. Zijn hoofdzakelijke interesse gaat uit naar interactie tussen meerdere partijen, in meerdere modi en computerentertainment.

Professor Nijholt begon als programmeur bij het TNO Delft waarna hij wiskunde en informatica aan de Technische Universiteit Delft ging studeren. Hij is werkzaam geweest aan de Universiteit Twente, de Radboud Universiteit , de Vrije Universiteit in Amsterdam en in België en de McMaster University in Canada.