Van Eekeren heeft zich gespecialiseerd in strategieontwikkeling en veranderingsprocessen binnen overheidsorganisaties en andere publieke organisaties, met name in de sectoren sport, zorg, welzijn en ontwikkelingssamenwerking. Daarnaast houdt hij zich bezig met onderzoek naar sport in het kader van ontwikkelingssamenwerking en de maatschappelijke betekenis van sport .