Op dit gebied schreef hij meer dan 300 wetenschappelijke papers. Ook verschenen onder zijn redactie de wetenschappelijke boeken Personalized Nutrition – Principles and Applications(2007), Introduction to Human Nutrition (2002) en Biomarkers of Dietary Exposure (1991). Voor het grote publiek schreef hij in samenwerking met wetenschapsjournalist Broer Scholtens Gezond eten, Gewoon doen(2011), waarin zij vanuit de voedingswetenschap kritiek uiten op dieetgoeroe's en bovendien laten zien hoe je wel gezond en lekker kunt eten.

Frans Kok is lid van verschillende wetenschappelijke commissies, waaronder de Nederlandse Gezondheidsraad en De Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek (NWO).