Hoes studeerde geneeskunde aan de Radboud Universiteit Nijmegen. Daarna specialiseerde Hoes zich in de klinische epidemiologie aan de Erasmus Universiteit in Rotterdam. In 1996 zette Hoes zijn carrière voort aan het Julius Centrum van het UMC Utrecht.

Hoes richt zijn onderzoek voornamelijk op de (vroeg)diagnostiek, prognose en therapeutische interventies bij hart- en vaatziekten en op de preventie van deze aandoeningen. Hij is (co)auteur van meer dan driehonderd wetenschappelijke publicaties en mede-auteur van het leerboek Clinical epidemiology. Principles, methods and applications for clinical research(2008). Sinds 1998 is Hoes lid van het College der Beoordeling van Geneesmiddelen (CBG).