Micha de Winter werd in 1988 aangesteld als universitair hoofddocent bij de faculteit sociale wetenschappen van de Universiteit Utrecht. In 2004 werd hij benoemd tot faculteitshoogleraar op de Langeveldleerstoel, genoemd naar de pedagoog Martinus J. Langeveld en in 2017 werd hij benoemd tot gewoon hoogleraar maatschappelijke opvoedingsvraagstukken. Op 31 mei 2017 was zijn afscheid als faculteitshoogleraar en de afscheidsrede was getiteld Pedagogiek over hoop: het onmiskenbare belang van optimisme in opvoeding en onderwijs.

Hij is nog altijd zeer maatschappelijk betrokken. Een commissie onder leiding van De Winter heeft van 2014 tot 2019 een uitgebreid onderzoek gedaan naar misstanden in de Nederlandse gezondheidszorg. In juni 2019 publiceerde de commissie haar eindrapport “Onvoldoende beschermd, geweld in de Nederlandse jeugdzorg van 1945 tot heden”. Daarnaast heeft hij velen boeken geschreven. In het voorjaar van 2024 komt zijn nieuwste boek uit, Medemenselijk opvoeden: Samenlevingspedagogiek voor een hoopvolle en daadkrachtige generatie. Hierin bespreekt hij hoe samenlevingspedagogiek jonge mensen kan helpen om met elkaar aan een zinvol, hoopgevend en humaan toekomstperspectief te werken. De ontwikkeling van sociale daadkracht (agency) en sociale nieuwsgierigheid spelen daarin een belangrijke rol.

Daarnaast schreef hij de boeken Kinderen als medeburgers: kinder- en jeugdparticipatie als maatschappelijk opvoedingsperspectief (1995), Beter maatschappelijk opvoeden: hoofdlijnen van een eigentijdse participatie-pedagogiek (2001) en Het kind als spiegel van de beschaving (2007). Verbeter de wereld, begin bij de opvoeding: vanachter de voordeur naar democratie en verbinding.