Als senior onderzoeker houdt hij zich binnen het instituut bezig met de onderzoekthema's: samenleven en spanningen in buurten; sociale stabiliteit; radicalisering; veiligheidsbeleving en buurt-, jeugd- en jongereninterventies. Hij heeft hij in diverse steden netwerkscans wijkveiligheid en leefbaarheid ontwikkeld en uitgevoerd. Daarnaast is Van Wonderen themacoördinator sociale stabiliteit van het Kennisplatform Integratie en Samenleving (www.kis.nl). Binnen KIS is hij betrokken bij de volgende projecten:
'Radicalisering, wat werkt? Inventarisatie en beschrijving van interventies tegen radicalisering', 'Vroegsignalering voedingsbodem radicalisering in wijken' en 'Handreiking sociale spanningen in wijken'.

Daarnaast heeft hij een survey onder 2500 jongeren uitgevoerd naar determinanten voor discriminatie, polarisatie en radicalisering (rechtsradicalisering en islamitische radicalisering). Hij is betrokken bij IMPACT Europe, een grootschalig Europees onderzoek naar het effectief voorkomen en tegengaan van radicaliseringsprocessen en het ontwerpen, kiezen en evalueren van de juiste interventies voor de specifieke doelgroepen.